Arli's blog

Bioinformatician's weblog

RSS Feed

Sedikit dasar Teknik informatika bagi User Software Bioinformatika

Posted by Aditya Parikesit on 15th May and posted in bioinformatics

coding-fundamentals-introduction-data-structures-and-algorithms.w654

Gambar 1: Diagram alir adalah algoritma. Memutuskan bagaimana mengatasi lampu yang tidak menyala bisa menjadi contoh yang baik mengenai algoritma

Tulisan ini saya tujukan bagi siapapun pengguna software bioinformatika, yang tidak memiliki latar belakang Teknik Informatika (IT). Peneliti life science (kimia, biologi, kedokteran, farmasi, pertanian, dan kehutanan) akan dapat mengambil manfaat dari tulisan ini. Jika terasa kurang informatif bagi praktisi IT, harap maklum.

Beberapa konsep kunci yang harus dipahami adalah mengenai perbedaan antara algoritma dan program/aplikasi, definisi validasi software, dan data sampling. Mari kita bahas satu persatu, dengan contoh masing-masing.

 

1. Algoritma dan program/aplikasi

Salah satu hal yang sering kurang dipahami peneliti non IT adalah perbedaan antara algoritma dan program/aplikasi. Mencampurbaurkan kedua konsep berbeda tersebut akan menciptakan kerancuan. Untuk penjelasan mengenai algoritma, dapat dicek pada tautan berikut:

http://computer.howstuffworks.com/question717.htm

http://www.youtube.com/watch?v=Syf9AumCRHw

http://www.webopedia.com/TERM/A/algorithm.html

http://www.mathsisfun.com/definitions/algorithm.html

Dari situ, bisa kita pelajari bahwa algoritma merupakan alur berpikir atau logika (pendekatan) untuk menyelesaikan masalah komputasi. Sementara program atau aplikasi adalah metode atau teknis bagaimana penyelesaian problem komputasi. Analogi yang bagus adalah dengan memasak. Algoritma adalah diagram alir yang menjelaskan bagaimana proses memasak, sementara program atau aplikasi adalah deskripsi teknis bagaimana proses memasak. Lebih jelas

 

2. Validasi software

Kemudian, apakah validasi software itu? Bagaimana dan siapa yang melakukan?

Jika kita mempelajari tautan pada http://iieblogs.org/2012/02/21/software-verification-and-software-validation-whats-the-difference/ , disitu sangat jelas bahwa validasi software harus dilakukan oleh developer, bukan user. Secara definisi, validasi adalah memverifikasi apakah developer mengembangkan aplikasi yang memang dibutuhkan oleh user. Validasi dilakukan oleh developer, untuk mengetahui kehendak user/customer, sebelum memasuki tahap coding. Sebagai salah satu contoh validasi software, developer harus menentukan, seperti apa interface dengan webtools yang harus mereka kembangkan. User seringkali meminta developer untuk menunjukkan bagaimana cara melakukan validasi software yang mereka gunakan. Salah satu contohnya adalah berikut ini:

http://www.minitab.com/en-us/support/software-validation/

Dari contoh tersebut, jelas sekali bahwa bukan merupakan tugas user untuk melakukan validasi, namun merupakan tugas dari developer. Jika diminta developer harus menunjukkan bagaimana cara melakukan validasi kepada user.

3. Data Sampling

Salah satu kegunaan software bioinformatika adalah mengubah data biologis menjadi informasi yang berguna. Mengunduh sembarang data biologis tanpa kriteria yang jelas tentu saja tidak bijak. Apa saja kriteria data yang digunakan?

Di life science, data yang umumnya digunakan bukanlah predicted atau putative. Jadi, misalnya menggunakan sekuens protein, data tersebut diambil dari wet lab, bukan hasil prediksi software.

Kemudian, data yang digunakan jangalah berupa fragmen. Misalnya menggunakan protein, gunakan sekuena utuh, jangan fragmen yang tidak lengkap. Biasanya data fragmen dihasilkan karena sekuenser gagal mengurutkan semua basa (untuk DNA) atau asam amino (untuk Protein) yang ada, sehingga hanya fragmen yang berhasil diurutkan.

Bioinformatika dan Life Science

Walaupun peneliti non IT, seperti yang berlatar belakang life science, tidak diwajibkan mempelajari coding/scripting, namun paling tidak pemahaman mengenai dasar-dasar komputasi menjadi penting supaya komunikasi dengan peneliti IT menjadi baik.

Pada sarasehan selanjutnya, saya akan membahas metode komputasi yang biasa digunakan dalam bioinformatika.

Sumber gambar: http://img.wonderhowto.com

Comments are closed

Powered By Wordpress || Designed By @ridgey28