Arli's blog

Bioinformatician's weblog

RSS Feed

Aplikasi Bioinformatika di Android

Posted by Aditya Parikesit on 25th April and posted in bioinformatics

Sistem komputasi awan (cloud) telah mempermudah pengolahan data biologis. Aplikasi seperti Google Drive, Dropbox, dan Skydrive dapat digunakan untuk menyimpan data tersebut, sehingga dapat dianalisis di mana saja.

Sementara itu, Tools bioinformatika dapat diakses pada gadget berbasis Android, sehingga mempermudah proses komputasi di mana saja, selama masih ada akses kepada komputasi awan.

Bioinformatics on the go

Selama ini, analisis bioinformatika hanya dapat dilakukan pada PC atau komputer besar. Namun, sejalan dengan berkembangnya teknologi gadget, maka analisis yang lebih sederhana dapat dilakukan pada gadget (smarphone dan tablet), terutama yang berbasis Android. Mengapa Android? Karena ia berbasis open source, sehingga tidak memerlukan biaya yang besar untuk pengembangan aplikasi ilmiah.

Tetapi, user harus bersabar dalam menggunakan aplikasi bioinformatika pada gadget, karena data dalam ukuran besar, atau komputasi yang sangat rumit, tidak dapat dianalisis di platform yang mini tersebut.

Lebih enak, kalau aplikasi-aplikasi mini tersebut dibuka pada tablet karena butuh display yang agak besar. Ke depannya, aplikasi ‘on the go’ ini bisa menjadi front end untuk mensubmit data ke sistim cloud bioinformatika. Sekarang, Amazon sudah menginstall engine Genome Browser pada cloud besutannya, sehingga menjadikan aplikasi gadget untuk front end ke cloud adalah sangat mungkin.


Beberapa Contoh Aplikasi Bioinformatika pada Android

Jika kita membuka Google Play, maka kita akan menemukan cukup banyak aplikasi bioinformatika. Namun, jika kita teliti dan kaji lebih dalam, hanya ada beberapa aplikasi yang mudah digunakan dan memiliki kemampuan mendekati versi desktopnya, selama data yang dikomputasi jumlahnya terbatas.

Aplikasi BAK4BIO (Brazilian Army Knife for Bioinformatics), merupakan suatu front end yang didesain untuk mengakses database bioinformatika. Apa saja yang dapat diakses? Contohnya NCBI, DDBK, KEGG, EBI, dan PDBJ. BAK4BIO dapat digunakan untuk mengintegrasi manajemen data terhadap data genomik, proteomik, dan metabolomik.

Lalu, aplikasi DNA Alignment, yang berguna untuk melakukan pairwise sequence alignment, alias pensejajaran urutan DNA. Namun, karena keterbatasan fitur di gadget, pensejajaran ini hanya dapat dilakukan pada dua sekuens saja, tidak lebih.

Aplikasi DPSAT adalah aplikasi unik, karena memiliki berbagai fitur. Misalnya, fitur ‘translate’, yang berguna untuk memberikan produk protein dari data nukleotida yang diberikan; fitur ‘nucleotide sequence properties’, yang berguna untuk menginformasikan konten GC dan AT, dan juga panjang urutan basa; juga fitur ‘Protein Biophysical Properties’, yang bermanfaat untuk mengkalkulasi properti urutan protein dengan metode ProtParam.

Aplikasi yang menarik juga adalah MENTHA, yang dapat digunakan untuk mengkaji interaksi protein-protein pada beberapa organisme. Kemdian, aplikasi SimAlign dan SimGene juga dapat digunakan untuk melakukan pensejajaran sekuens dan browsing gen.

Riset Bioinformatika di Gadget

Memang benar, akhirnya bioinformatika telah hadir pada platform Android. Namun, berhubung data yang dikomputasi dalam riset sangatlah besar, maka sampai detik ini tidaklah mungkin menyelesaikan suatu penelitian hard core pada gadget.

Akan tetapi, uji pendahuluan saja masih mungkin dilakukan di Android. Bagaimanapun, ketersediaan aplikasi bioinformatika pada platform android membuktikan bahwa demand end user untuk aplikasi sains sudah mulai ada.

Tulisan ini telah dimuat di kompas techno

Comments are closed

Powered By Wordpress || Designed By @ridgey28